Der spätgotische Kirchenbau fällt vermutlich in die ersten Amtsjahre des 1513 in Frankenmarkt eingesetzten Pfarrers Erasmus Kunigwiser.
Die heutige Kirche verdankt ihr Aussehen einem Umbau nach dem Brand von 1759, mit finanzieller Unterstützung durch den Passauer Fürstbischof Firmian, dessen Wappen mit dem "Passauer Wolf" an der Westseite des ab 1767 neu aufgebauten Turmes zu sehen ist. Aus dieser Zeit stammt auch der Zwiebelhelm.
Der kulturhistorisch bedeutsame Bilderzyklus an der Nordwand des Presbyteriums wurde bei der Kirchenrenovierung 1959 entdeckt und freigelegt.
Der vielleicht gegen 1530 geschaffene Zyklus behandelt eine theologisch bedeutsame Themenfolge: Zehn Gebote, Marienglorie, Sakramente und Weltgericht. Ziel war es, der neuen Dogmatik des Luthertums die Glaubenswahrheiten der alten Kirche, hier besonders die Marienverherrlichung und die Sakramentenlehre, entgegenzuhalten.
